官員表示，公司申請適用《產業創新條例》或《中小企業發展條例》提供的研發投資抵減時，應於當年度營所稅結算申報期截止日前，向中央目的事業主管機關提出申請，而且不論當年度有無抵減稅額，都應於辦理當年度結算申報時，將投資抵減資料依申報書規定格式填報，並檢附相關規定之文件，才算完成適用投資抵減的程序。

舉例來說，今年申報營所稅時，有不少公司曾向經濟部申請產創5G及智慧機械投資抵減，但是申報書上，卻沒有填報相關投資抵減資料，這些案例恐怕都會因為未完成申報程序，無法適用投資抵減優惠。